Analyse de l’expression génique

Responsable de la plateforme : Abdelmalek ALIOUA

Description

La plateforme d’analyse d’expression génique (AEG) a pour objectif d’offrir, aux équipes de recherche publiques et privées, des outils et compétences pour la réalisation de leurs projets de recherche portant sur la génomique, la transcriptomique et l’épigénétique.

Cette plateforme technologique est mutualisée entre 3 unités de recherche strasbourgeoises, IBMC, GMGM et IBMP.

La plateforme dispose d’instruments pour la réalisation des projets de séquençage (Oxford Nanopore, NGS-Illumina et Sanger), de génotypage (HRM) et d’analyse d’expression génique (qPCR).

Expertises

Séquençage à lecture longue | Oxford Nanopore

Responsable : Abdelmalek ALIOUA

Préparation et validation des banques d’ADN et d’ARN. Séquençage sur l’appareil MinIon d’Oxford Nanopore. Service et prise en charge rapides des projets.

Applications :

  • Séquençage de génome
  • Séquençage de transcrits complets
  • Édition génomique & épigénétique

Débit :

  •         2048 pores / 512 canaux
  •         Jusqu’à 20 Gb en 48h
  •         Multiplexage

Séquençage de nouvelle génération | MiSeq illumina

Responsable : Sandrine KOECHLER

Préparation et validation des banques. Séquençage sur l’instrument illumina MiSeq. Service et prise en charge rapides des projets.

Applications :

  • métagénomique 16S rRNA
  • séquençage d’amplicons
  • séquençage de génome
  • séquençage de petits ARN

Débit :

  • jusqu’à 50 millions de paired-end reads
  • jusqu’à 15Gb de données (longueur de séquençage maximale : 2X300 en 56 heures)
  • multiplexage possible

Séquençage Sanger et génotypage par électrophorèse en capillaires | ABI3130 XL

Responsable : Abdelmalek ALIOUA

Applications :

  •  séquençage d’ADN à partir de matrices de plasmide ou produits de PCR
  •  séquençage d’ADN direct à partir de culture ou colonie bactérienne
  •  génotypage de SSR / Microsatellites

 

Débit :

  •  384 séquences / 24 h
  •  jusqu’à 1000 bases de résolution

Analyse d’expression génique par qPCR | Roche LC480 – 384 puits

Responsable : Abdelmalek ALIOUA

Pour les projets d’analyse d’expression de gènes à haut débit par PCR quantitative en temps réel, la plateforme propose différents services :

  • formation des utilisateurs
  • dessin et validations d’amorces pour la méthode Sybrgreen
  • quantifications relative et absolue
  • validation de résultats de RNA-seq
  • prise en charge et réalisation rapides des projets

Débit :

  • bloc PCR de 384 puits pour l’analyse à haut débit
  •  jusqu’à 8 runs en 24 heures

 

Génotypage à haut débit par HRM | Roche LC480 – 384 puits

Responsable : Abdelmalek ALIOUA

Le HRM est une méthode économique pour le génotypage à haut débit.

Applications :

  • Génotypage de SNP
  • Criblage de mutants Crispr/Cas9
  • Détection de mutations indels
  • Détection et quantification des méthylations sur l’ADN
  • Identification de pathogènes

Débit :

  • Jusqu’à 192 échantillons en 2 heures

Service et prise en charge rapide des projets

PCR digitale | Stilla Naica

Responsable : Sandrine KOECHLER

La PCR numérique est la troisième génération de PCR après la PCR au point final et la PCR en temps réel. Cette technologie permet une quantification numérique très précise des acides nucléiques contenus dans les échantillons biologiques.

Applications :

  • Quantification absolue & expressions de gènes (<2 x différences)
  • Détection et quantification des méthylations de l’ADN
  • Détection et quantification des RNAs rares ou peu abondants
  • Détection et quantification des transcrits alternatifs
  • Analyses des miRNAs
  • Variation du nombre de copies (CNV)
  • Détection de mutations ( i.e SNP)
  • Détection de pathogènes (charges virales , analyse de microbiome)
  • Quantification de librairies NGS

Débit :

  • Jusqu’à 48 chambres par run
  • Analyse de 48 échantillons en multiplex (3) / détection de 144 cibles par run.
  • 20000 gouttelettes/chambre (volume de goutte de 0,22 nl)
  • LOD 0,2 copies/µl
  • Gamme dynamique = 5 log

 

Membres de la plateforme

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