Analyse de l’expression génique

Responsable de la plateforme : Abdelmalek ALIOUA

Description

La plateforme d’analyse d’expression génique (AEG) a pour objectif d’offrir, aux équipes de recherche publiques et privées, des outils et compétences pour la réalisation de leurs projets de recherche portant sur la génomique , la transcriptomique et l’épigénétique.

Cette plateforme technologie est mutualisée entre 3 unités de recherche strasbourgeoises, IBMC, GMGM et IBMP.

La plateforme dispose d’instruments pour la réalisation des projets de séquençage (NGS-illumina et Sanger), de génotypage (HRM) et d’analyse d’expression génique (qPCR).

Expertises

  • Séquençage de nouvelle génération (NGS) Illumina (Sandrine KOECHLER)
  • Séquençage Sanger et génotypage par électrophorèse capillaire (Abdelmalek ALIOUA)
  • Analyse d’expression génique par qPCR (Abdelmalek ALIOUA)

Expertises

Séquençage de nouvelle génération (NGS) Illumina

Responsable : Sandrine KOECHLER

Le service est organisé en plateforme fédérative. Ses missions sont les suivantes :

  • Prise en charge des projets de séquençage NGS Illumina
    • Préparation et séquençage des librairies Illumina (DNA-seq, RNA-seq, SmallRNA-seq)
    • Analyses qualitatives et bio-informatiques primaires des données (QC IAV,fastQC , fastQ trimming, Galaxy tools)
    • Edition de rapport et transmission des résultats
  • Optimisation des protocoles et veille technologique

Séquençage Sanger et génotypage par électrophorèse capillaire

Responsable : Abdelmalek ALIOUA

Le service est organisé en plateforme fédérative. Ses missions sont les suivantes :

  • Réalisation des réactions de séquençage d`ADN à partir d`échantillons d`ADN (plasmides divers ou produits de PCR) préalablement purifiés et quantifiés.
  • Réalisation des réactions de séquençage d`ADN directement à partir de colonies ou cultures bactériennes.
  • Réalisation d’analyses de génotypage par électrophorèse en capillaires.
  • Transmission des résultats
  • Optimisation des protocoles et veille technologique

Analyse d’expression génique par qPCR

Responsable : Abdelmalek ALIOUA

Le service est organisé en plateforme pour l’analyse d’expression de gènes. Les missions sont :

  • Test de gènes référence – collection de couples d’amorces.
  • Validations des kits et réactifs
  • Probes and primer design ( taqman ou sybrgreen)
  • Réalisations et optimisation des réactions de qPCR
  • Support technique et logiciel
  • Suivi de l’évolution technologique et logicielle de la plateforme
  • Formation

 

 

Membres de la plateforme

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