Analyse de l’expression génique

Responsable de la plateforme : Abdelmalek ALIOUA

Description

La plateforme AEG est spécialisée dans le séquençage des acides nucléiques et l’analyse de l’expression des gènes. Stratégiquement, elle constitue un pôle d’expertise en séquençage « lectures longues » avec la technologie Oxford Nanopore.
Les objectifs de la plateforme sont de mettre à disposition des équipes de recherche publiques et privées des outils et des compétences pour mener à bien leurs projets en génomique, transcriptomique et épigénétique. Elle dispose d’instruments de pointe pour le séquençage NGS (Oxford Nanopore et Illumina), le génotypage Crispr-Cas9 à haut débit (HRM) et l’analyse de l’expression génique (qPCR et ddPCR).
La plateforme AEG est définie selon une charte. Elle propose des prestations de services pour la prise en charge d’analyses selon une grille tarifaire, et des collaborations de recherche pour la mise en place de projets avec développement de méthodes spécifiques.

Réseaux
La plateforme AEG est membre du Cortecs , un réseau de plateformes scientifiques de recherche et service de l’université de Strasbourg, en partenariat avec le CNRS et l’INSEM.
La plateforme AEG labellisée IBiSA , un groupement d’intérêt scientifique (GIS) qui mène une politique nationale sélective de labellisation et de soutien aux plateformes de biologie, santé et agronomie et centres de ressources biologiques (CRB).

Moyens et équipements

  • Séquençage Oxford Nanopore : PromethION P2 et 2 MinION avec adaptateur Flongle
  • Séquençage NGS Illumina : MiSeq
  • PCR digitale: Stilla Naica System
  • Analyse d’expression génique par qPCR et génotypage HRM : Roche LC480-II 384 puits
  • Contrôle qualité des échantillons et librairies de séquençage NGS : Bioanalyser 2100 (Agilent) ; Qubit (ThermoFisher Scientific)

Comment soumettre un projet à la plateforme?
Pour soumettre un projet à la plateforme AEG, contactez-nous par courriel à l’adresse ibmp-aeg@unistra.fr
Nous vous répondrons dans un délai de 7 jours afin de définir la meilleure stratégie à adopter et l’approche technologique à envisager. Un devis sera ensuite établi. Le délai de réalisation des expériences vous sera communiqué après validation des échantillons. Dans certains cas, un échange avec un bioinformaticien vous sera proposé avant le lancement du projet.

Expertises

Séquençage NGS lectures longues | Oxford Nanopore

Préparation à façon, validation et séquençage des banques d’ADN et d’ARN.

Applications

  • Séquençage de génomes
  • Séquençage d’amplicons
  • Séquençage ciblé : Adaptive Sampling sequencing
  • Édition génomique & épigénétique: Détection des variations structurales
  • Séquençage du  transcriptome:  RNA-seq , cDNA-Seq / variants d’épissage
  • Séquençage du MicroRNome: small RNA-seq , détection des variations structurales

Débit

  • 800 à  2675 pores
  • Jusqu’à 100 Gb en 72h
  • Multiplexage

Séquençage NGS lectures courtes | Illumina

Préparation à façon, validation et séquençage des banques d’ADN et d’ARN.

Applications

  • Séquençage de génomes et d’amplicons
  • Édition génomique & épigénétique: Chip-seq
  • Séquençage du  transcriptome:  RNA-seq
  • Séquençage du MicroRNome: small RNA-seq, Mime-seq
  • Ribosome profilling: Ribo-seq
  • Séquençage de microbiome: 16S-rRNA-seq

Débit

  • Jusqu’à 50 millions de paired-end reads
  • Longueur de séquençage maximale : 1 x 600 cycles ou 2 x 300 cycles en 56 heures)
  • Jusqu’à 15 Gb de données
  • Multiplexage à façon

Séquençage de plasmides

Nous proposons une service de séquençage complet et assemblage de novo de vos plasmides (insert et/ou vecteur).

Applications

  • Validation du squelette de vos plasmides
  • Validation de vos clonages , séquençage complets des inserts

Débit

  • Jusqu’à 192 plasmides en parallèle
  • Assemblage de novo automatisé

Analyse d’expression génique par qPCR | Roche LC480

Analyse d’expression de gènes à haut débit par PCR quantitative en temps réel, la plateforme propose différents services :

Applications

  • Dessin et validation d’amorces et sondes
  • Quantifications relative et absolue
  • Validation de résultats de RNA-seq
  • Quantification de librairies NGS

Débit

  • Bloc PCR de 384 puits pour l’analyse à haut débit
  •  Jusqu’à 8 runs en 24 heures

Génotypage à haut débit par HRM | Roche LC480

Le HRM est une méthode économique pour le génotypage à haut débit.

Applications

  • Génotypage de SNP (classes 1 à 4)
  • Criblage de mutants Crispr/Cas9
  • Détection de mutations indels
  • Détection et quantification des méthylations sur l’ADN
  • Identification de pathogènes

Débit

  • Jusqu’à 192 échantillons en 2 heures

PCR digitale | Stilla Naica

La PCR numérique est la troisième génération de PCR après la PCR au point final et la PCR en temps réel. Cette technologie permet une quantification numérique très précise des acides nucléiques contenus dans les échantillons biologiques.

Applications

  • Quantification absolue & expressions de gènes (<2 x différences)
  • Détection et quantification des RNAs rares ou peu abondants
  • Détection et quantification des transcrits alternatifs
  • Analyses des miRNAs
  • Variation du nombre de copies (CNV)
  • Détection de pathogènes (charges virales , analyse de microbiome)

Débit

  • Jusqu’à 48 chambres par run
  • Analyse de 48 échantillons en multiplex (3) / détection de 144 cibles par run.
  • 20000 gouttelettes/chambre (volume de goutte de 0,22 nl)
  • LOD 0,2 copies/µl
  • Gamme dynamique = 5 log

 

Membres de la plateforme

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