Dégradation des ARN

Responsables d'équipe : Dominique GAGLIARDIHélène ZUBER

Thème de recherche

La dégradation des ARN est essentielle à la régulation de l’expression des génomes. Diverses voies de dégradation des ARN coopèrent pour assurer :

  • l’élimination des ARN codants et non-codants en réponse aux signaux développementaux et environnementaux
  • l’élimination de transcrits défectueux (Contrôle de qualité des ARN)
  • la dégradation de transcrits cryptiques produits à partir de régions intergéniques (Surveillance des ARN)
  • la lutte contre des pathogènes comme les virus.

Les objectifs principaux de notre équipe sont d’identifier des acteurs clés des voies de dégradation des ARN et de déterminer leurs rôles dans la régulation de l’expression des gènes, leur impact sur le développement ou la résistance aux stress des plantes. Nous sommes particulièrement intéressés par les co-facteurs de l’exosome, par les enzymes responsables de l’adénylation et l’uridylation des ARN, et par de nouveaux facteurs associés aux P-bodies et aux activateurs du décapping. Enfin, nous évaluons l’importance des voies de dégradation des ARN au cours d’infections virales.

Nos projets intègrent des stratégies de génétique directe et inverse chez Arabidopsis thaliana, de purification des protéines couplée à des analyses en spectrométrie de masse, ainsi que des protocoles spécifiques de séquençage à haut débit (Illumina et Nanopore) pour caractériser les extrémités 3’ des ARN.

Notre programme de recherche est actuellement financé par le LabEx NetRNA (2011-2028) et les contrats ANR URIVir (2021-2025) et SeedUTail (2022-2026).

Projets

L’exosome et ses co-facteurs

Porteur de projet :Heike LANGE

L’exosome est un acteur majeur de la dégradation 3’-5’ des ARN chez les eucaryotes. De nombreux co-facteurs nucléaires et cytosoliques régulent l’activité de l’exosome, sont essentiels à la reconnaissance des substrats ARN, et couplent transcription et traduction à la dégradation des ARN. Nos objectifs principaux sont d’identifier les fonctions de nouveaux co-facteurs de l’exosome dans l’expression des gènes et le développement des plantes.

Membres impliqués : Hanzhang Yu, Heike Lange & Dominique Gagliardi

L’uridylation des ARNm

Porteur de projet :Hélène ZUBER

L’uridylation des ARNm est une modification post-transcriptionnelle dont nous voulons comprendre l’étendue des rôles dans la régulation de l’expression génique. Nous étudions en priorité les conséquences moléculaires de l’uridylation sur la dégradation des ARNm ou leur traduction. Nous nous intéressons également à l’importance biologique de l’uridylation des ARNm au cours du développement de la graine.

Membres impliqués : Quentin Simonnot, Pietro Giraudo, Jeanne Roignant, Jackson Peter, Elodie Ubrig, Hélène Zuber & Dominique Gagliardi

L’uridylation des ARN viraux

Porteur de projet :Hélène ZUBER

Nous explorons l’influence de l’uridylation dans le métabolisme des ARN viraux. Nous voulons identifier les facteurs viraux et de l’hôte impliqués dans l’uridylation des ARN viraux. Nous explorons les conséquences de l’uridylation des ARN sur l’infection et la réplication virales, et sur le développement de symptômes chez les plantes infectées.

Membres impliqués : Hanzhang Yu, Damien Garcia, Hélène Zuber & Dominique Gagliardi

2.5.0.0
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Nouveaux composants des P-bodies

Porteur de projet :Damien GARCIA

Nous étudions une endoribonucléase associée aux activateurs du decapping et aux Processing-bodies (P-bodies), un type de RNA granules très conservé chez les Eucaryotes. Nous nous intéressons particulièrement à son rôle dans la régulation de l’expression des gènes, le développement et la réponse aux stress. Nous avons également identifié de nouveaux composants des P-bodies dont nous analysons les fonctions dans le métabolisme des ARN et la réponse des plantes à leur environnement.

Membres impliqués : Aude Pouclet & Damien Garcia

Membres de l'équipe