Bioinformatique

Responsable de la plateforme : Valérie COGNAT

Description

La plateforme de bioinformatique conseille, propose et développe des services en bioinformatique à destination des équipes de recherches. Ses domaines couvrent plus particulièrement l’analyse de données de séquençage haut débit.
La plateforme dispose d’un cluster de calcul dédié à la bioinformatique ouvert en partenariat au GMGM et au LNCA.

Missions:
– Analyse de données biologiques
– Mise en place des ressources de calcul en bioinformatique
– Formation à destination de biologistes ou bioinformaticiens (Accès aux formations).

Pour demander un accès au cluster : Formulaire web d’ouverture de compte  – ou – Formulaire PDF création de compte HPC  (à renvoyer à ibmp-servers@unistra.fr).

Charte de Fonctionnement

Expertises

Analyse de données de séquençage haut débit

La plateforme possède des compétences en analyses de données NGS, plus particulièrement Illumina et Nanopore. Elles couvrent différentes thématiques, entre autres :
– l’assemblage de génomes,
– la détection de variants,
– l’étude du transcriptome (RNA-seq et smallRNA-seq),
– la métagénomique 16S,
– les interactions protéines/adn-arn (ChIP-seq, ….)
– la méthylation.
Notre plateforme travaille en synergie avec la plateforme AEG pour une prise globale des projets de la définition du plan expérimental à l’exploitation des résultats.

Mise à disposition d'une infrastructure de calcul et de stockage dédiée

En collaboration avec le SSI de l’IBMP, la plateforme met à disposition de l’IBMP et de ses partenaires un cluster de calcul de 256 coeurs, 1,2 To de RAM et 70 To d’espace de travail. Des espaces de stockages privatifs pour chaque institut sont accessibles via le cluster pour la sauvegarde et le stockage des données. De nombreux outils bioinformatiques sont déployés sur le cluster, notamment pour l’analyse de données haut débit.
Chaque personne travaillant dans un institut partenaire peut faire une demande de compte sur les ressources de calcul via le Formulaire d’ouverture de compte.
Les personnes travaillant dans un institut non partenaire peuvent contacter le responsable de plateforme pour une demande de partenariat.

Développement d'outils et de workflows d'analyses

La plateforme possède des compétences en programmation (R, python, bash, perl) et peut être amenée à développer des outils de visualisation ou des bases de données à la demande des chercheurs.

Membres de la plateforme

Dernières publications

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    In: Eugene Valkov, Aaron C. Goldstrohm (eds) Deadenylation. Methods in Molecular Biology, vol 2723. Humana New York, NY., 2024. | DOI : doi: 10.1007/978-1-0716-3481-3_14DOI logo

  • ELSER D., PFLIEGER D., VILLETTE C., MOEGLE B., MIESCH L. and GAQUEREL E.

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    Science Advances, 9(34), 2023. | DOI : 10.1126/sciadv.ade8984DOI logo

  • KRIEGER C., HALTER D., BALTENWECK R., COGNAT V., BOISSINOT S., MAIA-GRONDARD A., ERDINGER M., BOGAERT F., PICHON E., HUGUENEY P., BRAULT V. and ZIEGLER-GRAFF V.

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    Phytopathology, 113(9):1745-1760, 2023. | DOI : 10.1094/PHYTO-12-22-0454-FIDOI logo

  • ARRIVÉ M., BRUGGEMAN M., SCALTSOYIANNES V., COUDRAY L., QUAN Y.F.P., SCHELCHER C., COGNAT V., HAMMANN P., CHICHER J., WOLFF P., GOBERT A. and GIEGÉ P.

    A tRNA modifying enzyme facilitates RNase P activity in Arabidopsis nuclei.

    Nature Plants, 9, 2031-2041, 2023.

  • GRAINDORGE S., VILLETTE C., KOECHLER S., GROH C., COMTET-MARRE S., MERCIER P., MAGERAND R., PEYRET P., HEINTZ D., SCHALLER H. and ARSÈNE-PLOETZE F.

    The Arabidopsis thaliana–Streptomyces Interaction Is Controlled by the Metabolic Status of the Holobiont

    International Journal of Molecular Sciences, 23:12952, 2022.