Biologie structurale

Responsable de la plateforme : Marc BERGDOLL

Description

Les objectifs de la plateforme de biologie structurale sont divers :

  • modéliser ou déterminer des structures par diffraction des rayons X
  • sensibiliser les chercheurs aux relations structure-fonction
  • aider les chercheurs à exploiter le plus efficacement possible les milliers de structures cristallographiques connues à ce jour i.e. récupérer, visualiser et analyser les structures des macromolécules biologiques qui les intéressent
  • réaliser à la demande des chercheurs de l’unité des analyses de structures de protéines et d’acides nucléiques et effectuer la collecte d’informations à partir des bases de données publiques
  • conseiller et fournir une assistance aux utilisateurs pour l’étude de structures en local ou sur le net
  • adapter et développer des outils informatiques nécessaires
  • effectuer une veille technologique et le suivi de l’évolution des programmes d’analyse et des bases de données structurales. Se former pour les mettre en œuvre

Expertises

  • Outils pour la biologie structurale (Marc BERGDOLL)

Expertises

Outils pour la biologie structurale

Responsable : Marc BERGDOLL

Maîtrise des outils d’analyse et de traitement des séquences d’acides nucléiques et de protéines nécessaires à l’interprètation des structures, des recherches et extractions des données des banques de séquences (PDB, ViperDB, CCGC, EMBL, GENBANK, Swissprot), des outils de modélisation (Modeller), de cristallographie (Phenix,coot,O) et de visualisation (PyMOL).

Membres de la plateforme

Dernières publications

  • SCHALK Catherine, DREVENSEK Stéphanie, KRAMDI Amira, KASSAM Mohamed, AHMED Iklhak, COGNAT V., GRAINDORGE S., BERGDOLL M., BAUMBERGER N., HEINTZ D., BOWLER Chris, GENSCHIK P., BARNECHE Fredy, COLOT Vincent and MOLINIER J.

    DNA DAMAGE BINDING PROTEIN 2 (DDB2) Shapes the DNA Methylation Landscape

    Plant Cell, :, 2016.

  • WALLET C., LE RET M., BERGDOLL M., BICHARA M., DIETRICH A. and GUALBERTO J.

    The RECG1 DNA translocase is a key factor in recombination surveillance, repair, and segregation of the mitochondrial DNA in Arabidopsis

    Plant Cell, 27:2907-2925, 2015. | PMI26462909 :

  • GAS-PASCUAL E., SIMONOVIK B., HEINTZ D., BERGDOLL M., SCHALLER H. and BACH T.

    Inhibition of cycloartenol synthase (CAS) function in tobacco BY-2 cell suspensions - A proteomic analysis

    Lipids, 50(8):773-784, 2015. | PMI26123692 :

  • DOIMO M., TREVISSON E., AIRIK R., BERGDOLL M., SANTOS-OCANA C., HILDEBRANDT F., NAVAS P., PIERREL F. and SALVIATI L.

    Effect of vanillic acid on COQ6 mutants identified in patients with coenzyme Q10 deficiency

    Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease, 1842:1-6, 2014. | PMI24140869 :

  • FISCHER M.J.C., MEYER S., CLAUDEL P., STEYER D., BERGDOLL M. and HUGUENEY P.

    Determination of amino-acidic positions important for Ocimum basilicum geraniol synthase activity

    Advances in Bioscience and Biotechnology, 4:242-249, 2013.

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