En combinant quatre approches de séquençage à haut débit différentes, des chercheurs de l’IBMP ont identifié des ARN messagers (ARNm) qui entrent en contact et qui sont clivés par DCP1-associated NYN domain endoribonuclease 1 (DNE1), une endoribonucléase impliquée dans la régulation de l’expression des gènes et ayant une fonction importante pour la régularité de l’émergence des fleurs aussi appelée phyllotaxie.
Cette étude a permis de mieux comprendre comment l’action de DNE1 se coordonne avec celle des facteurs activant l’élimination de la coiffe, un nucléotide modifié protégeant de la dégradation l’extrémité 5’ des ARNm. En étudiant des plantes qui combinent des mutations dans DNE1 et d’autres facteurs importants pour la dégradation des ARN, les chercheurs ont identifié certaines caractéristiques dont la présence est plus fréquente sur les ARN ciblés par DNE1. Le recoupement des données obtenues par les quatre approches utilisées a permis de montrer que l’abolition de l’action de DNE1 peut avoir différentes conséquences pour les ARNm ciblés. Certains ARNm variant dans leur accumulation, d’autres dans leur capacité à produire de petits ARN interférents lorsque l’élimination de la coiffe est perturbée.
Cette étude dirigée par Damien Garcia été publiée dans le journal The Plant Cell. Elle est le fruit du travail réalisé dans l’équipe Dégradation des ARN (IBMP) par l’étudiante en thèse Aude Pouclet en collaboration avec David Pflieger, ingénieur de la plateforme de Bioinformatique (IBMP). Elle a permis d’identifier une très grande diversité de cibles de DNE1 et de mieux comprendre l’action de cette endoribonucléase dans la dégradation des ARNm chez les végétaux. C’est une étape indispensable dans la compréhension de l’influence de DNE1 dans la physiologie des plantes et la précision de patrons de développement qui sont établis lors de l’émergence de fleurs.
