Equipe : Dégradation des ARN
Chefs d’équipe : Dominique GAGLIARDI & Hélène ZUBER
Directeurs de thèse : Dominique GAGLIARDI & Hélène ZUBER
Courriels : dominique.gagliardi@ibmp-cnrs.unistra.fr & helene.zuber@ibmp-cnrs.unistra.fr
La polyadénylation est cruciale pour la stabilité et la traduction des ARNm eucaryotes. L’avènement récent du séquençage Nanopore a révélé une complexité insoupçonnée dans les profils de distribution des queues poly(A) des ARNm. Nos dernières analyses gène à gène ont montré de fortes disparités dans les profils de queues poly(A) entre différentes classes ontologiques d’ARNm chez Arabidopsis, mais également pour des ARNm appartenant à la même classe ontologique. Cette nouvelle couche de régulation génique post-transcriptionnelle est essentiellement inexplorée.
L’objectif de ce projet de thèse est la caractérisation fonctionnelle de déterminants génétiques conférant des distributions de queues poly(A) spécifiques. Un de ces déterminants a déjà été identifié par l’équipe et sera caractérisé plus en détail par l’étudiant. Des outils d’apprentissage automatique seront également déployés pour identifier de nouveaux déterminants génétiques. Une fois identifiés, les mécanismes sous-jacents à leur fonction seront élucidés. La purification par affinité et les analyses par spectrométrie de masse permettront d’identifier les facteurs trans reconnaissant les déterminants génétiques. L’interférence avec l’expression de ces facteurs trans, ainsi que la mutation des déterminants génétiques, seront ensuite utilisées pour étudier leur impact sur la stabilité, la traduction et la localisation des ARNm.
Ce projet permettra des avancées majeures dans la compréhension des liens entre l’expression des gènes et la régulation des tailles des queues poly(A) des ARNm. L’étudiant acquerra des connaissances théoriques et pratiques sur le métabolisme des ARNm, la génétique inverse, la spectrométrie de masse et le séquençage Nanopore, et développera les compétences bioinformatiques associées.
Mots-clés : Polyadénylation ; ARNm ; Dégradation de l’ARN ; traduction ; Séquençage Nanopore ; spectrométrie de masse
Publications pertinentes :
- Giraudo P, Simonnot Q, Pflieger D, Peter J, Gagliardi D, Zuber H (2024) Nano3’RACE : une méthode pour analyser la longueur de la queue poly(A) et les ajouts de nucléotides à l’extrémité 3′ d’ARNm sélectionnés à l’aide du séquençage Nanopore. Méthodes en biologie moléculaire. 2723 : 233-252, doi : 10.1007/978-1-0716-3481-3_14
- Joly AC, Garcia S, Hily J-M, Koechler S, Demangeat G, Garcia D, Vigne E, Lemaire O, Zuber H, Gagliardi D (2023) Une étude approfondie de l’uridylation 3′ de l’ARN phytoviral identifie des variations extrêmes et des modèles spécifiques au virus. Physiologie végétale 193(1):271-290, doi : 10.1093/plphys/kiad278
- Scheer H, de Almeida C, Ferrier E, Simonnot Q, Poirier L, Pflieger D, Sement FM, Koechler S, Piermaria C, Krawczyk P, Mroczek S, Chicher J, Kuhn L, Dziembowski A, Hammann P, Zuber H et Gagliardi D (2021) La TUTase URT1 connecte les activateurs de décapage et empêche l’accumulation de substances excessivement dédénylées. ARNm pour éviter la biogenèse des siARN. Communication naturelle. 12h1298. est ce que je:10.1038/s41467-021-21382-2
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