Biogenèse et mode d’action des petits ARN

Responsable d'équipe : Todd BLEVINS

Thème de recherche

Grâce à leur plasticité phénotypique les plantes terrestres fournissent aux humains des sources de nutrition, de fibres, d’énergie et de composés médicinaux. Les petits ARN interférents (siARN), longs de 20 à 24 nucléotides, soutiennent cette plasticité en ajustant la régulation des gènes et en contribuant à la protection de l’intégrité génomique.

Lorsqu’il est lié à une protéine effectrice, chaque siARN porte l’information de séquence nécessaire pour discriminer les ARN ciblés des ARN non ciblés. Une classe de siARN endogènes cible le clivage des ARNm cellulaires pour réguler le développement, tandis qu’une autre agit sur la méthylation de cytosines de l’ADN afin d’immobiliser les transposons, prévenant ainsi l’apparition de mutations délétères. Cette méthylation des transposons affecte également les gènes avoisinants, permettant aux états épigénétiques de répression transcriptionnelle d’être hérités au cours des divisions cellulaires et parfois sur plusieurs générations successives. Des voies distinctes de biogenèse de ces précurseurs ARN double brins sont nécessaires pour rendre compte de la spécialisation fonctionnelle de chaque classe de siARN : un défaut d’adressage affectera irrémédiablement leurs rôles respectifs et peut ainsi perturber le développement, et/ou rendre les cellules vulnérables aux mutations et aux maladies.

Notre équipe étudie dans la plante modèle Arabidopsis thaliana, les mécanismes qui préservent la biogenèse des siARN correspondants à ces différentes voies, afin d’assurer leurs fonctions spécialisées dans la plante.

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Choix de publications

  • THIEME M., MINADAKIS N., HIMBER C., KELLER B., XU W., RUTOWICZ K., MATTEOLI C., BÖHRER M., RYMEN B., LAUDENCIA-CHINGCUANCO D., VOGEL J., SIBOUT R., STRITT C., BLEVINS T. and ROULIN A.C.

    Transposition of HOPPLA in siRNA-deficient plants suggests a limited effect of the environment on retrotransposon mobility in Brachypodium distachyon

    PLoS Genetics, 20(3):e1011200, 2024. | DOI : 10.1371/journal.pgen.1011200DOI logo

  • WIERZBICKI A., BLEVINS T. and SWIEZEWSKI S.

    Long Noncoding RNAs in Plants

    Annual Review of Plant Biology, 72:245-271, 2021. | DOI : 10.1146/annurev-arplant-093020-035446DOI logo

  • BÖHRER M., RYMEN B., HIMBER C., GERBAUD A., PFLIEGER D., LAUDENCIA-CHINGCUANCO D., CARTWRIGHT A., VOGEL J., SIBOUT R. and BLEVINS T.

    Integrated genome-scale analysis and northern blot detection of retrotransposon siRNAs across plant species

    In: Heinlein M. (ed) RNA tagging. Methods in Molecular Biology, vol 2166. Humana New York, NY., 2020. | DOI : 10.1007/978-1-0716-0712-1_23DOI logo

  • FERRAFIAT L., PFLIEGER D., SINGH J., THIEME M., BÖHRER M., HIMBER C., GERBAUD A., BUCHER E., PIKAARD C.S. and BLEVINS T.

    The NRPD1 N-terminus contains a Pol IV-specific motif that is critical for genome surveillance in Arabidopsis

    Nucleic Acids Research, 47(17):9037-9052, 2019. | DOI : 10.1093/nar/gkz618DOI logo

  • BLEVINS T., WANG J., PFLIEGER D., PONTVIANNE F. and PIKAARD C.S.

    Hybrid incompatibility caused by an epiallele

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 114(14):3702-3707, 2017. | DOI : 10.1073/pnas.1700368114DOI logo